De jaren 90' stonden voor het Dolfinarium in het teken van vernieuwing en verandering. In 1989 werd het park verkocht aan Ruud de Clercq, voormalig directeur van themapark de Efteling. Hij zou een aantal veranderingen en uitbreidingen invoeren die het park gevormd hebben en tot de dag van vandaag iconisch en soms zelfs nog operationeel zijn. Zo was hij verantwoordelijk voor het Roggenrif dat in 1990 gebouwd werd en in 1991 opende. Dit is een habitat voor roggen, haaien en vissen waar de bezoekers de dieren zelf kunnen voeren en aanraken, iets unieks voor die tijd. Dit was op dat moment het grootste overdekte bassin voor haaien en roggen ter wereld en blijft tot op de dag van vandaag een publieksfavoriet. Inmiddels is het al een paar keer verbouwd en uitgebreid met een educatief Noordzee-aquarium, maar het originele bassin en de constructie bestaan nog steeds! Ook introduceerde de Clercq in 1993 een 3D-filmtheater, met verschillende effecten. Zo was er eerst "Sea Dreams" en daarna "S.O.S. Barracuda". Dit was een populaire simulatorattractie. Bezoekers namen plaats in bewegende stoelen voor een 10x15 meter groot scherm, waar ze een avontuurlijk verhaal beleefden in de diepten van de oceaan, later kon je in het filmtheater ook een 3D Piratenavontuur beleven, een echte nostalgische favoriet uit het verleden. Inmiddels heeft het filmtheater nog verschillende andere doelen gediend zoals theatershows, livebeelden van orka Morgan toen zij in het park werd opgevangen en inmiddels kun je er deelnemen aan een VR experience. Al in 1967 vond de eerste opvang van een bruinvis plaats in het Dolfinarium in Harderwijk, maar gestructureerde opvang en de bouw van het opvangcentrum "Fort Heerewich" in 1991 werd ook geïntroduceerd door de Clerq. Dit opvangcentrum vormde de basis voor "SOS Dolfijn" dat in 2004 een individuele stichting werd en de opvang van zeezoogdieren verder overnam. In 1992 werd ook eindelijk het Veluwestrand officieel bij het Dolfinarium getrokken, een mijlpaal! De grootste toevoeging onder zijn leiding was de bouw van de Dolfijndelta in 1997. Een enorme, natuurlijke lagune dat op dat moment het leefgebied was voor Californische zeeleeuwen, tuimelaardolfijnen, gewone zeehonden en verschillende soorten vissen, krabben en kreeften. Ook aan de algemene uitstraling van het park werd gewerkt. Deze invloeden zijn tot op de dag van vandaag deel van het park.
Het begin van de jaren 90' was een behoorlijke omslag. De iconische orka Gudrun was inmiddels verhuisd naar Seaworld en in haar plaats waren drie zwarte zwaardwalvissen of 'zwarte orka's' (Pseudorca crassidens) teruggekomen vanuit Kamogawa Sea World. De zwarte zwaardwalvis is een grote, slanke dolfijnensoort die ondanks de naam, geen ondersoort is van de orka. Wel lijken ze er veel op vanwege de donkergrijze, bijna zwarte kleur en stompe snuit. Ze hebben net als de orka ook een behoorlijk formaat. Met een lengte van 4,5 tot 6 meter zijn ze beduidend groter dan tuimelaardolfijnen, maar ook heel slank en atletisch gebouwd. Ook het gedrag doet denken aan de orka; ze leven in hechte sociale groepen (pods) en staan bekend als intelligent, nieuwsgierig en sociaal. Ze vormen familiegroepen waarin dieren elkaar helpen bij het jagen en ze beschermen zelfs zieke groepsleden. Er zijn waarnemingen van zwarte zwaardwalvissen die langdurig optrekken met andere dolfijnensoorten. Dit maakte de dieren geschikt om ze samen met de tuimelaars te huisvesten. Deze soort werd op dat moment dan ook in andere parken al samen met andere walvisachtigen gehouden. De komst van deze drie dieren naar Harderwijk was ook meteen een primeur. Dit was de eerste keer dat deze soort te zien was in Europa. Het groepje bestond uit de vrouwtjes "Siva" en "Oban" en het mannetje "Bandar". De dieren waren in 1987 gearriveerd en in 1989 voor het eerst te zien in de voorstelling die dagelijks werd gegeven in de Koepel. In 1990 waren de dieren inmiddels volledig geïntegreerd in de voorstelling en waren ze ook op promotiemateriaal en in de fotoboekjes te zien. Helaas hebben zwarte zwaardwalvissen niet lang geleefd. Zij hadden sowieso vanaf het begin al wat problemen met hun gezondheid. Tot overmaat van ramp overleed op 8 april 1992 Bandar, het mannelijke dier aan een longontsteking. Op 9 september 1993 volgde Siva en op 1 januari 1994 ook Oban. Alle dieren overleden met ongeveer dezelfde symptomen en er werd gedacht dat zij waarschijnlijk al ziek waren bij aankomst in het park. Dit verlies was zeer groot en liet een grote leegte achter. Toch werd er besloten om geen nieuwe zwarte zwaardwalvissen aan te schaffen en vanaf nu alleen met tuimelaars verder te gaan in de Koepel. Dit was ook meteen de laatste keer dat deze soort werd gehouden in een Europees dierenpark.
Ook de manier van het geven van de voorstellingen veranderde in de jaren 90'. Naast educatieve elementen werd er steeds meer entertainment en spektakel toegevoegd. Dit was de geboorte van de klassieke "show" zoals velen die vandaag kennen met muziek, lichteffecten en veel high-energy gedragingen en trainers in het water met de dieren. Iets wat heel typerend is voor die tijd en waar destijds ook veel belangstelling was vanuit het publiek. In 1995 werd de Koepel volledig verbouwd en kreeg het zowel van binnen als van buiten een andere uitstraling. De buitenkant werd versierd met blauwe golven en ook de ingang werd in dit thema aangekleed. De binnenkant kreeg een enorme update met rotswanden, watervallen, een groot centraal scherm en heel veel nieuwe decoratie zoals waterplanten en schelpen. Er werd een complete show ontworpen in samenwerking met Joop van den Ende genaamd het ‘Het Geheim van Dolfijneiland’. Voor het eerst was er een vast programma en werd gebruikgemaakt van nieuwe licht en geluidstechniek. De dolfijnentrainers deden ook veel meer 'waterwerk' met de dieren en spectaculaire gedragingen waarbij de samenwerking tussen mens en dieren centraal stond. Vóór het publiek werd meegenomen op de ontdekkingstocht naar het eiland, verscheen er op het videoscherm, hoog in de rotsen, een informatief filmpje. "Tante Sien" vertelde daarin wat het Dolfinarium zoal deed: Het verzorgen van de dieren, opvangen van zieke dolfijnen, verrichten van wetenschappelijk onderzoek en het werk van de trainers. En dan begon het echt. “Ik heb een boek gevonden”, fluisterde tante Sien hoog in de rotsen, “en het heet Het geheim van Dolfijneneiland.” De zaal werd donker en het licht richtte zich op het 'strand' waar iemand lag te slapen. Dolfijnen in het water spetterden de persoon wakker. Boven in de rotsen bleek ook iemand te zitten. “Willen jullie spelen?” riepen de twee. De dolfijnen in het water reageerden met hoge, instemmende kreten. Het sein dat het spel van salto's, springen, knuffelen en zwaaien kon beginnen. De show vertelde niet echt een verhaal, maar liet het thema, de band tussen mens en dier, steeds op een andere manier zien. Het voor de show gecomponeerde lied verwoordde het zo: “Zo onafscheidelijk, voor altijd samen. Je glimlach, je ogen, een ander verhaal, een vriend waar ik zoveel van leer.” Spannend werd het als tante Sien meldde dat het ging stormen. Onmiddellijk gierde een huilende wind door de koepel en flitste de bliksem door de lucht. In het water dobberde een drenkeling. Natuurlijk werd hij gered door een dolfijn die hem in vliegende vaart naar het droge bracht. De show was bestemd voor alle leeftijden, maar gezien de presentatie vooral gericht op kinderen. Eén ding miste er in de voorstelling van een half uur: de traditie om kinderen aan de show te laten meedoen. In deze voorstelling konden kinderen niet meer in een bootje stappen, een dolfijn aaien of iets dergelijks, zoals dat in het verleden wel werd gedaan.Na de voorstelling was er wel een informeel moment waarop de kinderen met de trainers mochten praten en de gelegenheid hadden om vragen te stellen. Deze manier van shows geven drukte voor altijd een imago en stempel op het Dolfinarium. Het werd nu meer gezien als themapark in plaats van een dierenpark. Iets wat momenteel vooral in het nadeel ligt, aangezien er vandaag de dag juist op educatie en natuurlijke gedragingen wordt gefocust. Toch was het echt een product van dit era, waarbij in soortgelijke parken en dolfinaria dezelfde aspecten werden gehanteerd. De ongekende bezoekersaantallen en populariteit in de jaren 90' zijn ook een teken dat het beeld wat wordt gevormd bij het Dolfinarium en de verwachting van de gasten in de laatste decennia zeker is veranderd! In 1995 trok het Dolfinarium namelijk 933.000 bezoekers, 50% meer dan het jaar daarvoor!
De grootste en meest typerende uitbreiding van het Dolfinarium in de jaren 90' was dat van "de Lagune", vandaag de dag bekend als "de Dolfijnendelta". Een groot, natuurlijk habitat voor verschillende dieren uit het park en een absoluut uniek concept voor zijn tijd!. Het Dolfinarium investeerde 25 miljoen gulden in de natuurlijke baai van 15 miljoen liter Noordzeewater. Dit was deel van de Clercqs visie. Hij was sterk van mening dat natuurlijke verblijven de toekomst hadden en dat de ecologische waarde van de verblijven ook bijdroegen aan het enthousiamsme van het publiek. Zo liet hij ook de zeehondenhabitats opnieuw inrichten om een zo natuurgetrouw mogelijk Waddengebied na te bootsen. Een natuurlijker gebied voor de dolfijnen en zeeleeuwen was een logische volgende stap. Nergens ter wereld was nog zo'n project gerealiseerd, dit zou het grootste en meest natuurgetrouwe dolfijnenverblijf van Europa worden. De bouw duurde zo'n anderhalf jaar. De aanleg was een complex proces, met grote hoeveelheden grondwerk en waterbeheer om een zoutwaterlagune te creëren die geschikt was voor verschillende diersoorten. In plaats van het klassieke beton, werd het gebied voorzien van een dikke folielaag zodat het zoute zeewater zich niet kon mengen met zoet grondwater. Omdat de Lagune een natuurlijk leefgebied moest voorstellen betekende dit dat er zo min mogelijk zou worden ingegrepen in wat er in De Lagune gebeurde. Er werd gestuurd op een natuurlijk evenwicht. Het water werd op een biologische manier gefilterd. In de filters, met een diameter van 3,5 meter werden bacterien geïntroduceerd die de hele dag door alle afvalstoffen die in het water aanwezig zijn afbreken. Ook werd het gebied voorzien van een winterverblijf dat kon worden verwamd en bestond het uit zo min mogelijk scheidingen, zodat de dieren vrije toegang hadden tot bijna alle delen van het gebied.
De Lagune werd in het thema van de "Kwakwaka'wakw indianen" gebouwd die op Vancouver Island aan de noordwestkust van Canada leven. Dit is een volk wat al eeuwenlang in harmonie leeft met de natuur. De zee speelt een belangrijke rol voor hen, zij halen er hun voedsel uit en kunnen hierop met kano's flinke afstanden afleggen. Zij worden ook wel "het volk van zalm en ceder" genoemd. Zalm is dan ook hun belangrijkste voedselbron en bijna alle gebruiksvoorwerpen werden van oudsher van cederhout gemaakt, waaronder kano's gebouwen en prachtige totems. Zij waren niet alleen de inspiratie voor dit nieuw gebied, maar werden ook direct betrokken bij het project. Rondom De Lagune werd een authentieke nederzetting van de Kwakwaka'wakw gebouwd en de totems die rond het hele gebied werden geplaatst zijn ook echt door dit volk gemaakt en naar Harderwijk verscheept vanuit Canada. Er werden zelfs cederbomen en andere flora geïmporteerd uit Canada om het gebied aan te kleden. Deze staan vandaag de dag nog steeds rondom de Dolfijnendelta en zorgen voor een aparte uitstraling. Het was ook echt de bedoeling dat het publiek niet alleen op een natuurlijkere manier dichterbij de dieren kon komen, maar dat zij ook kennis mochten maken met de authentieke cultuur van het Kwakwaka'wakw volk. Wat het park alleen maar verder neerzette als een themapark in plaats van alleen een dierenpark. Onderwaterzicht mocht ook zeker niet ontbreken, met een lift zou men naar een onderwaterwerld worden gevoerd waar de verschillende dieren door een 60-meter panaroma glaswand te zien waren.
Vancouver Island is een eiland langs de Westkust van British Columbia, Canada. De Kwakwaka'wakw indianen waren de eerste menselijke bewoners van dit gebied. Het is een eiland vol regenwouden, bergen en omgeven door de Grote Oceaan. Er leven heel veel verschillende dieren zoals beren, raven, zeearenden, wolven, poema's en ook veel zeedieren zoals zeeleeuwen, orka's, dolfijnen, walvissen en verschillende soorten vissen. In de folklore van de Kwakwaka'wakw indianen komen deze dieren volop voor in verhalen en legendes. Ook maken zij prachtige totems van deze dierfiguren. Verschillende totems uit de cultuur van de Kwakwaka'wakw werden ontworpen en vervaardigd in Canada en vervolgens geplaatst in en rondom de Lagune. Ook werden er replica's verkocht in de souvenir winkel. Dit waren onder andere "de Adelaar der Zee" en de "Raaf der Zee" vertegenwoordigd als grote totempalen rondom het gebied. Ook de zalm en de heilbot 'Namxxikagiyu' kregen een rol. Deze totems kon je door het hele gebied heen vinden, zowel onderwater als bovenwater. Een ander belangrijk icoon was Zwartvis de orka 'Max 'inux' vergezeld door Pugwis de vriendelijke zeemeerman. Ook was er Vagis, het onheilspellende zeemonster. Mensen maakten kennis met deze figuren door een verhaallijn waarin ze werden meegenomen. Zowel in de voorstelling als in de onderwaterruimte. Hierbij volgden zij "Kumugwe" koning der zee. Hij waakt samen met zijn onderdanen over alle meren en oceanen. Er werd volledig ingespeeld op het thema. In de souvenirshops waren totems, edelstenen en andere natuurlijke materialen te vinden. In het restaurant in de onderwaterruimte werden authentieke Canadese zalmgerechten en ecologische keuzes geserveerd en ook de flora en fauna zoals verschillende vissoorten in de Lagune kwamen overeen met de inheemse soorten in Canada. Een aantal jaren voor de bouw van de Lagune waren er acht dolfijnen aangekomen vanuit het Windsor Safaripark, wat haar dolfinarium ging sluiten en dus een nieuwe plek zocht voor de dolfijnen. Dit waren de dieren Smartie, Prince, Juno, en Neptune die op 5 februari 1993 arriveerden en de dieren Honey, Lulu, Thea en Zeus die op 18 januari 1994 arriveerden. Bij de opening van de lagune leefden er vijftien dolfijnen in het Dolfinarium, waarvan vijf in de leeftijd ouder dan 30 jaar. Deze vijf dieren mochten van hun pensioen gaan genieten in de Lagune. De overige dieren werden gehuisvest in de Koepel. Door de opening van de Lagune werd het echter ook mogelijk om wat grootschaliger te gaan fokken met dolfijnen, wat ook de insteek was voor het nieuwe gebied. Hiervoor waren ook nieuwe, jongere dolfijnen nodig. Om de Lagune te vullen met bewoners kwamen er daarom ook nieuwe dolfijnen naar het park. Op 7 juni 1997 kwamen er acht tuimelaardolfijnen aan vanuit Sea World Orlando. Dit waren de dieren Ralph, Molly, Beachie, Tucker, Cecil, Roxy, Lucy, en Finagain. In de Lagune leefden zij in een samengestelde groep met de dieren die al aanwezig waren in het Dolfinarium. Een aantal van deze dieren leven vandaag de dag nog steeds in de Dolfijnendelta met hun nakomelingen. De boodschap die werd gegeven tijdens een bezoek aan de Lagune moest luiden "Leer de natuur kennen en waarderen, gebruik haar waar nodig is, maar houd haar wel in stand". De Kwakwaka'wakw hebben namelijk veel rituelen om de natuur te bedanken voor het voedsel en de bomen. Zo is er bijvoorbeeld altijd een heilige ceremonie als de eerste zalm gezien wordt. Het is in deze cultuur zelfs verboden om dieren onnodig te doden of bomen om te hakken zonder reden. De dieren zijn van levensbelang als voedsebron en de bomen zijn heilig, daar zij vrijwel alle gebruiksvoorwerpen van het cederhout maakten. Voorwerpen zoals manden, fluiten, ratels, dozen, kano's en maskers. Zelfs de kleding zoals rokken en hoeden, of zelfs luiers en dekens werden gemaakt van geoliede cederschors! Deze werden dan vaak beschilderd met afbeeldingen van dieren. Tegenwoordig leven de Kwakwaka'wakw ook in normale huizen en dragen zij normale kleding, maar de traditie wordt in leven houden. Vroeger leefden zij in grote groepen van soms wel vijftig personen in één huis. Dit werd het 'Bighouse' genoemd. Een dorp bestond uit een aantal van deze Bighouses, deze stonden zo dicht mogelijk bij het water. De voorkant stond altijd naar het water gericht en was beschilderd met prachtige afbeeldingen die bij de familie van het huis hoorden. Naast het huis stonden ook indrukwekkende totems. De gebouwen van de Lagune zijn directe replicas van dit soort Bighouses. De symbolen en totems zijn prachtig en kenmerkend, maar niet iedereen mag die afbeeldingen zomaar gebruiken. Ook onder de Kwakwaka'wakw zelf niet. Vanuit de legendes die bij een bepaalde familie horen mag alleen die familie de betreffende afbeeldingen gebruiken. Er werd dus overlegd tijdens de bouw van de Lagune welke totems en afbeeldingen gepast waren om te gebruiken.
Deze manier van thematisatie voor het nieuwe gebied was nog niet eerder toegepast in het Dolfinarium en kwamen ongetwijfeld voort uit de tijd dat Ruud de Clercq aan het roer stond bij themapark de Efteling. Onder zijn leiding werden de eerste grote uitbreidingsplannen gemaakt onder de noemer 'Wereld van de Efteling' en de attracties Pagode en Monsieur Cannibale geopend. Ook werkte hij aan een voorloper van wat uiteindelijk "Villa Volta" zou worden. Allen zwaar gethematiseerde attracties. Hiervoor studeerde de Clercq zelf bouwkunde en ging na zijn studie aan de slag als projectleider woningbouwindustrie. Hij heeft deelprojecten geleid voor toeristisch Scheveningen, waarna hij zich meer ging bezighouden met recreatie-woningbouw. Hoewel de meningen altijd verdeeld zijn geweest over zijn visie en werkwijze, zijn de toevoegingen van zijn hand in het Dolfinarium op zijn minst gezegd iconisch en veel zijn na bijna dertig jaar nog steeds in het park aanwezig. Ook bracht hij het bezoekersaantal va 300 duizend naar 1,2 miljoen bezoekers per jaar wat een enorme prestatie is!
Onder: Concepttekeningen van de Lagune en een luchtfoto van het Dolfinarium met het gebied waar de Lagune niet veel later gearealiseerd werd. Hier wordt pas duidelijk wat voor een enorme uitbreiding de Lagune eigenlijk was voor zo'n klein park. Op de foto ook één van de totems die momenteel te zien is in de tentoonstelling over het zestigjarig bestaan.
Wanneer je het woord "Lagune" opzoekt in het woordenboek krijg je als betekenis 'klein strandmeer' of 'binnenzee' dit is ook wat de Lagune in het Dolfinarium moest voorstellen. Een binnenzee of afgesloten baai met zout water, waarin allerlei dieren leven. De bedoeling was dat je dit strandmeer ook zo tijdens een wandeling op Vancouver Island tegen zou kunnen komen. Daarom zijn er toendertijds veel naaldbomen en struiken aangeplant. Het Dolfinarium ligt aan een randmeer van het IJsselmeer, maar dat is natuurlijk zoet water. Dat was niet geschikt voor het maken van een Lagune. Daarom is er eerst een heel diep gat van bijna twaalf meter gegraven. Daarin is een groot stuk waterdicht folie gelegd, het grootste aan één stuk gemaakte folie van dat soort ter wereld. Daarbovenop is weer zeven meter zand geplaatst. Op die manier kon het zoete grondwater niet meer in contact komen met het zoute water dat de Lagune zou vullen. De Lagune werd gevuld met 15 miljoen liter echt zeewater dat met binnenvaartschepen vanuit de Noordzee werd aangevoerd. Al het zeewater voor de Lagune komt van een speciaal, door biologen uitgezochte schone plek op de Noordzee. Tankertransport C.Koole uit Zaandam zorgde voor het spectaculaire transport naar Harderwijk. Het ophalen op zee gebeurde met de kustvaarder 'Star Bonaire' die per keer 3 miljoen liter in roestvrij stalen containers naar IJmuiden bracht. Daar werd het overgepompt in drie binnenschepen die elk, per reis, 1 miljoen liter (eveneens in roestvrije tanklichters) naar Harderwijk brachten. De enorme, 10 cm dikke panoramaruiten van de onderwaterruimte zijn in België vervaardigd. De fabrikanten hebben de sterkte van het glas getest door er van grote hoogte enorme gewichten op te laten vallen. Het filteren en warmhouden van zowel de Lagune als de centrale gebouwen vergde zoveel energie dat er een eigen op aardgas gestooke energiecentrale werd aangelegd. Hiermee ging ondanks de enorme uitbreiding de energierekening met wel 6 ton per jaar omlaag! Bij oplevering was het wateroppervlak 7.500 m² en het diepste punt 5 meter. Het hele gebied besloeg meer dan 2 hectare, groter dan een modern voetbalveld. Het gebouw van het 'surfcentrum' van Harderwijk werd aangekocht door het Dolfinarium en bij het terrein van het park aangetrokken. Het gebouw, met riant uitzicht op het water van de Veluwemeerplas de 'Wolderwijd werd hierbij omgetoverd tot een gezellig pannenkoeken-restaurant. Vanuit het Dolfinarium werd een treinspoor aangelegd en een treintje reed dagelijks van het Dolfinarium, langs de Lagune af en stopte ook bij dit restaurant, waardoor het dagaanbod voor de bezoekers alleen nog maar groter werd. Omdat het zo'n uniek project was kwam er tijdens de bouw behoorlijk wat belangstelling van zowel binnen als buiten Nederland. Vanwege een vroege, strenge vorstperiode waardoor het werk stagneerde, is de opening van de Lagune naar een later tijdstip verschoven dan eigenlijk gepland was. Eerst werd er gesproken over maart en daarna begin mei.
Uiteindelijk was het dan op 12 juni 1997 zo ver! De Feestelijke opening van de Lagune. Deze was alleen voor genodigden en startte met een welkomswoord van Directeur Ruud de Clercq. Vervolgens werd de Lagune officieel ingewijd door Chief W.T. Cranmer, opperhoofd van de Kwakwaka'wakw, begeleid door traditionele dansers. Daarna werden ook de totempalen onthuld door Chief Cranmer en de Clercq, gevolgd door een buffet. In de dagen daarna was het gebied dan ook officieel geopend voor bezoekers. De Lagune bestond bij opening uit een enorm leefgebied voor tuimelaardolfijnen, waaronder een wintergedeelte dat kon worden vewarmd. De dolfijnen werden gefaseerd geintroduceerd in het gebied, beginnende in deze winterbaai. Bijzonder was dat de oudere dieren, die dus relatief veel langer in de oude setting hadden gespendeerd, minder moeite hadden met de grote verandering dan de jongere dieren. Één deel van de Lagune kon worden afgeschermd met een houten wand, hier leefden de Californische zeeleeuwen en gewone zeehonden. Dit is het gedeelte wat vandaag de dag de "Walrussenwal" heet en bewoond wordt door de walrussen. In het gedeelte achter de brug was het "Moerasgebied" waar mensen over stapstenen konden lopen en dieren zoals vissen, krabben en kreeften van heel dichtbij konden bekijken. Dit gedeelte heet vandaag de dag de "Krabbenkust" en heeft nog steeds dezelfde functie. In het midden van de Lagune bevonden zich verschillende "Bighouses" met verschillende functies. Zo was er een souvenirwinkel, een cafetaria met keuken en "de Onderwaterbeleving", later hernoemd naar "Zeeleeuwen alom" en vandaag de dag bekend als de "Onder Odiezee". Er vertrok om de drie minuten een lift naar beneden. Hier werden de bezoekers meegenomen in de legende van Zeekoning "Kumugwe" en de legendes van de Kwakwaka'wakw. Er werden dagelijks ook voorstellingen gegeven, die helemaal in thema waren van de indianen. Met trommels, mist-effecten en traditionele muziek. De verzorgers benaderden de dolfijnen vanaf de kant of in kano's, iets heel anders dan in de Koepel werd gepresenteerd. De Lagune was een ongekend succes en trok een recordaantal bezoekers. Het zette het Dolfinarium opnieuw op de kaart. Niet alleen in Nederland, maar ook wereldwijd. Nergens was er nog zo'n project gerealiseerd en het heeft tientallen jaren geduurd voor andere dierenparken ook maar een poging deden tot iets soortgelijks. Door het succes in 1997 en 1998 introduceerde het Dolfinarium in 1998 een winteropenstelling met de show "De Winterwonderparel". Deze werd de volgende jaren herhaald en behaalde in 2000 zelfs een prijs als "Beste Show ter Wereld" in Atlanta.
De opening van zo'n nieuw concept kende ook uitdagingen. Zowel praktische aspecten als in hoe de Lagune werd opgevat door bezoekers. Zo was er snel na het vullen van de Lagune spraken van microscopisch kleine algen, waardoor het water al snel heel troebel werd. Bij het bouwen van de filters werd er gerekend op grotere algen. Hierdoor moesten de filters worden aangepast. Met de filters waren sowieso regelmatig problemen, zo raakten buizen verstopt met voorwerpen die de dolfijnen daar hadden verstopt en was er bijna niet op te vechten tegen de algenbloei in de zomer. Dit is overigens ook vandaag de dag nog een probleem en de zichtbaarheid onderwater hangt sterk af van het weer. Ook het folie wat gebruikt werd vertoonde na enige tijd mankementen. De vissen die in de Lagune leefden werden speciaal geselecteerd op samenleving met de dolfijnen, zeehonden en zeeleeuwen, maar toch sneuvelden de vissen razendsnel. Vooral de dolfijnen zagen deze vissen als een lekker hapje en erachteraan jagen was ook verrijking voor ze. Later dacht men dit op te lossen door vissen te introduceren die minder interessant waren om op te eten. Bijvoorbeeld door soorten te kiezen met een ruwe huid en stekels. Door de speelsheid en nieuwsgierigheid van de dolfijnen aten zij de vissen echter nog steeds op, waardoor sommige dieren een beschadiging van de mond of slokdarm opliepen. Het testen van de grenzen van het gebied was sowieso een favoriete bezigheid van de dolfijnen, wat voor uitdagingen zorgde. Het ontbreken van scheidingswanden en seperatiebassins bleek ook een probleem. Toen er een dolfijn ziek werd en weigerde om de trainers te benaderen was er niks wat de verzorgers konden betekenen. De dolfijn zwom naar het diepste deel van het bassin en was daar onbenaderbaar en onbehandelbaar. Hoewel vrije toegang tot het hele gebied een mooi en sprookjesachtig idee was, hanteren de meeste dierenparken met zeezoogdieren zogeheten 'medpools' voor een reden. Dit zijn vaak bassins die wat kleiner zijn in omvang en met een ondiepere bodem, of een bodem die omhoog en omlaag kan om dieren te kunnen scheiden en behandelen, Bijvoorbeeld bij ziekte, een verwonding of een geboorte. Denk hierbij aan de opvangbassins in een opvangcentrum of een ziekenhuiskamer voor mensen. Uiteindelijk werd de Lagune in meerdere gebieden opgedeeld om de dieren zo beter te kunnen verzorgen en scheiden wanneer dit nodig was. Ook de visie van de Lagune werd niet door alle bezoekers even goed begrepen of ontvangen. Als zo'n project vandaag de dag zou worden gerealiseerd zou het waarschijnlijk worden geprezen voor de focus op natuur en authentieke aspecten, in de jaren 90' was het echter misschien zijn tijd vooruit. Veel bezoekers verwachtten een attractie en stuitten vervolgens op een dierenverblijf waarbij de boodschap niet altijd even goed werd begrepen. De eerste voorstelling werd ook als langdradig bestempeld en had voor velen te weinig actie. Waar de Lagune uniek was in vrijwel alles, zoals het serveren van authenieke Canadese zalmgerechten, waren er ook gasten die kwamen vragen of ze niet "gewoon een frikandel of een kroket" konden krijgen. Hoewel er in de presentatie en educatie van de Lagune aandacht werd besteed aan alle aspecten zoals het Kwakwaka'wakw volk, de bomen en materialen en zelfs de kleinste dieren zoals de annemonen en forellen, kwamen de bezoekers toch echt voornamelijk om springende dolfijnen te zien. Het grote contrast met de shows die in de Koepel werden gegeven droegen hier natuurlijk ongetwijfeld aan bij.
De Lagune opende met vier dolfijnen, twee zeeleeuwen, twee zeehonden, 150 zeebaarzen, 350, forellen, 25 kabeljauwen en 50 tarbots. Ook lagere diersoorten zoals zeesterren, mosselen, oesters en anemonen werden later toegevoegd. Evenals Canadese ganzen en in 1999 werd er zelfs een roofvogeldemonstratie gehouden boven de Lagune met onder andere de iconische zeearend. De dolfijnengroep werd uitgebreid met de acht tuimelaardolfijnen uit Seaworld Orlando. In de eerste jaren werden al meteen veel jonge tuimelaars geboren. Het eerste dolfijntje dat ooit in de Lagune werd geboren was een mannetje dat de naam K'ulu'ta kreeg. Hij werd geboren op 22 mei 1998 en zijn naam betekent "Dolfijn" in de taal van de Kwakwaka'wakw. Alle andere jonge dolfijntjes die in de komende jaren in de Lagune werden geboren kregen ook een gethematiseerde naam. Dit zijn T'salk'a (getijdenstroom) die volgde op 8 juli 1998. Zijn geboorte was een verrassing omdat niemand door had dat zijn moeder Finagain drachtig was. Zij was op dat moment zelf pas zes jaar oud. Hoewel vrouwelijke dolfijnen dan al vruchtbaar zijn is het typerender dat zij op een iets oudere leeftijd pas het eerste jong krijgen. K'wisa (Vallende Sneeuw) werd op 3 februari 2001 geboren. Datzelfde jaar werd Damsxi (Oceaan) geboren op 12 mei 2001, Amtan (Ik speel) een dag later op 13 mei 2001 en een paar dagen later volgde T'lisala (Zon) op 17 mei 2001. In het jaar 2002 volgden M'ebidu (kleintje) op 4 mei 2002 en Yola (wind) op 2 mei 2002. Daarna kwam nog dolfijntje Palawas (Bloemen) op 31 juli 2004. Zo ontstond er een dynamische familiegroep in de Lagune met dolfijnen van beide geslachten en alle leeftijden! De zeeleeuwengroep werd later ook uitgebreid naar meerdere dieren en het eerste zeeleeuwtje dat in de Lagune werd geboren kreeg de naam D'loth'la. Hoewel het nooit op de originele planning stond om de walrussen permanent in de Lagune te huisvesten, werd het verblijf en de glaswand wel 'walrus-proof' ontworpen. Met in het achterhoofd dat de walrussen er in de toekomst misschien zouden leven. Dit voor het geval dat de walrussen wellicht tijdelijk in de Lagune moesten verblijven als bijvoorbeeld hun verblijf verbouwd werd of als zij door een toekomstige gezinsuitbreiding groter moesten worden gehuisvest. In 1995 werd namelijk walrus Nikolai geboren. Dit mannelijke walrusje is de zoon van Igor en Olga. Hij is de eerste walrus in Europa die geboren is onder menselijke zorg. Dit was dus opnieuw een primeur voor het Dolfinarium. Op 23 juni 2003 volgde de geboorte van walrus Boika en bijna precies een jaar later op 22 juni 2004 volgde het vrouwtje Raisa. Nog nooit waren er in één park zoveel succesvolle walrusgeboortes achter elkaar. Dit liet zien dat het fokken met walrussen wél mogelijk was. Nikolai leeft nog steeds in het Dolfinarium en vandaag de dag leven de walrussen wel in het gebied wat vroeger de Lagune was. Ook bij de Stellerzeeleeuwen waren er regelmatig geboortes. Om inteelt te voorkomen arriveerden in juli 1997 de Stellerzeeleeuwen Adak en Sade vanuit het Vancouver Aquarium in Canada naar het Dolfinarium in Harderwijk. Adak zou daar uiteindelijk de harembaas Teun vervangen en meer dan 13 jongen verwekken. Adak en Sade overleden vele jaren later op de zeer respectabele leeftijd van 25 en 26 jaar oud. Hun nakomelingen leven nog in verschillende dierenparken in Europa. Vandaag de dag wordt het gebied van de Lagune voor een deel bewoond door tuimelaardolfijnen (dit deel heet de Dolfijnendelta) en in het andere gedeelte leven de walrussen (dit deel heet nu de Walrussenwal). Ook in de Krabbenkust (het voormalige Moerasgebied) leven nog steeds verschillende vissoorten, krabben, kreeften en overige zeedieren.
Na de opening introduceerde het Dolfinarium het Lagune Restaurant. Waarbij men kon dineren in de onderwaterruimte van de Lagune. Hierbij werden er natuurlijk gerechten vanuit de Kwakwaka'wakw cultuur geserveerd. Denk daarbij aan op cederhout gerookte zalm, geroosterd zeewier op een salade van wilde rijst en gekruide konijnen-filet op varenscheuten. Het "Dineren met Dolfijnen" bestond uit een avondvullend programma met drie of vier gangen en een uitgebreide uitleg over de Lagune en het Kwakwaka'wakw volk. Mensen schoven na sluitingstijd, zo rond 19:00 aan. Het programma duurde vervolgens van 19:30 uur tot 23:00 uur. Chefkok Geu Koudijs leerde hier speciaal de techniek voor om zalm te bereiden in een traditionele kookput, net zoals de indianen dat in Canada deden. In zo'n put werd een dikke laag stenen verhit met cederhout en vuur. Vervolgens werd de zalm daar, ingepakt in bijvoorbeeld koolbladeren opgelegd. Andere ingrediënten werden hier vervolgens ook weer aan toegevoegd en afgedekt met meer koolbladeren. Zo werd het gerecht als het ware gestoomd door het vocht uit de koolbladeren en als resultaat heb je dan "Oguqualayos Lax'a" een op cederhout gerookte en daarna gestoomde zalmfilet. Alle smaak werd zo perfect behouden. Op drukke dagen werd dit proces ook tijdens openingstijd van het park gedemonstreerd. Een ontdekkingsreiziger liep vervolgens tussen de tafeltjes om de gasten te vermaken en te informeren. Terwijl men lekker genoot van de "Yal'Neka Luxa', een krokant rolletje van zalm en zeewier met een compote van cranberry, zwommen de dolfijnen voorbij en waren er zelfs interacties tussen de dieren en de gasten. Ook andere gegrilde vis en vleessoorten stonden op het menu. De boodschap achter dit concept was dat op een natuurlijke manier eten ook heel lekker kan zijn en daarbij heel gezond is! Ook werd er echt geprobeerd de gasten een verhaal mee te geven.
Vier jaar na de bouw van de Lagune veranderde het Dolfinarium opnieuw van eigenaar. Ruud de Clercq was inmiddels zowel directeur van het Dolfinarium als van Avonturenpark Hellendoorn. In 2001 werden beide parken onder zijn bewind verkocht aan de Franse parkengroep Grévin, die later opging in Compagnie des Alpes. Compagnie des Alpes (CDA) is een Frans bedrijf dat 10 wintersportgebieden en 12 attractieparken uitbaat. waaronder Walibi Holland, Bellewaerde Park en de andere Walibi parken. Destijds was het ook eigenaar van twee andere parken met dolfijnen. Namelijk Parc Astérix en Planète Sauvage. Hoewel de invloeden van de Clercq de eerste jaren na de overname vrijwel onveranderd bleven, voerde Compagnie des Alpes opnieuw grote veranderingen door in het Dolfinarium, waaronder in de uitstraling van het park. In het seizoen van 2004 begon men met de restyling van het park en in 2005, slechts een aantal jaren na de opening van de Lagune waren vrijwel alle totems en sporen van de Kwakwaka'wakw cultuur weer verdwenen. Zij hadden plaats gemaakt voor een frisse nieuwe uitstraling met modernere aspecten en fellere kleuren. Ook werden er veranderingen doorgevoerd aan de dierverblijven. Zo verhuisden de Californische Zeeleeuwen naar de andere kant van de Lagune, waar zij in een verblijf genaamd de "Zeeleeuwenzee" verbleven. Het gebied wat vrij kwam door de verhuizing van de zeeleeuwen werd omgebouwd tot de "Walrussenwal". In 2005 namen de walrussen hier hun intrek. Door de verhuizing van de walrussen kwam er natuurlijk nog een verblijf vrij. Het voormalige verblijf van de walrussen werd omgebouwd tot de "Bruinvisbaai", waar de bruinvissen uit SOS Dolfijn die in permanente opvang verbleven hun nieuwe thuis vonden. Voor de eerste keer waren er in Nederland walrussen onderwater te zien en voorstellingen met de bruinvissen. De meeste gebouwen en verblijven kregen een nieuwe uitstraling en andere namen. Hoewel de totempalen zijn afgebroken, het treintje verdwenen is en de gebouwen gestript van de kunst waar zij ooit mee sierden zijn er hier en daar nog steeds invloeden te vinden van de 'gloriedagen' van de Lagune. Dit zie je onder andere terug aan de bomen en struiken om het gebied en onderwater is bij helder weer zelfs nog een glimp te zien van één van de totembeelden. Hoewel het zeker jammer is te noemen dat dit tijdperk slechts zo kort heeft geduurd voor de hoeveelheid aandacht en detail die er in is gestopt, blijft de Dolfijnendelta, (zoals de Lagune vandaag heet) een echte mijlpaal die in Europa nog niet geëvenaard is.
